Последняя модификация StuG III, вооруженная короткоствольным 75-мм орудием, появилась осенью 1941 года. Прототип StuG III Ausf Е создавался как узкоспециальная командирская машина, изначально ориентированная на установку двух радиостанций дальнего действия. Для этого бронекоробка на левом крыле, предназначенная для установки радиостанции, удлинилась вперед, и точно такая же бронекоробка была добавлена симметрично на правом борту машины. В ходовой части и энергетической установке StuG III Ausf Е использовались агрегаты танка PzKpfw III Ausf J. Первые испытания штурмового орудия продемонстрировали его улучшенные ТТХ, а проведенная технологическая доработка значительно уменьшила его стоимость.

 
   

Поэтому выпуск машин командиров дивизионов продолжился и в качестве линейных САУ. Практически все новые машины с осени 1941 года несли в качестве дополнительного вооружения пулемет MG-34, который перевозился внутри броневого отделения или на правом крыле штурмового орудия, однако никакого специального крепления для пулемета предусмотрено не было. Подобно Ausf С/D, оставшиеся в строю машины этой модификации были перевооружены в 1944 году длинноствольной пушкой StuK 40.