В середине декабря 1939 года военный совет Северо-Западного фронта обязал КБ завода №185 разработать тяжелую самоходную артиллерийскую установку на шасси танка Т-100, успешно испытанного в условиях войны с Финляндией.

Корпус САУ мало отличался от корпуса Т-100. Лоб, борта и корма были защищены 60-мм броней и сохраняли стандартную конфигурацию. В коробчатой боевой рубке, также образованной броневыми листами толщиной 60 мм, на тумбе устанавливалась 130-мм морская пушка Б-13 образца 1929 г. Боекомплект состоял из 30 выстрелов раздельного заряжания, в состав которого входили как осколочно-фугасные гранаты, так и бронебойные снаряды. При начальной скорости 870 м/с бронебойный снаряд массой 36 кг пробивал броневой лист толщиной 40 мм на расстоянии до 4400 метров. Вспомогательное вооружение состояло из трех 7,62-мм пулеметов ДТ.

К 14 марта 1940 г. СУ-100-Y была полностью готова и даже успела поступить на заводские испытания, однако днем ранее война с Финляндией завершилась. Летом 1940 года самоходку отправили на полигон в Кубинку, где она простояла без дела вплоть до начала войны. После полутора лет бездействия о СУ-100-Y вспомнили только в ноябре 1941 года, когда немцы подошли на критически близкое расстояние к Москве. В ход пошло практически все, вплоть до единичных прототипов танков. Самоходку подвергли ремонту с целью использовать ее по прямому назначению. Когда опасность миновала, САУ вновь поставили на хранение, а затем поместили в экспозицию Военно-исторического музея бронетанкового вооружения и техники в подмосковной Кубинке, где она находится до настоящего времени.